Il Comando Scuole Virtuale è alle dirette dipendenze dello Stato Maggiore Aeronautica Virtuale (SMAV). Il Comandante delle Scuole e gli Ufficiali che compongono il Comando vengono nominati direttamente dallo SMAV.

Le attività del Comando Scuole Virtuale riguardano principalmente:

• Le modalità di reclutamento del personale da immettere nei gruppi AMVI e la promozione degli stessi sia sui canali ufficiali che all'esterno della comunità in collaborazione col Reparto Affari Generali;
• La definizione dei programmi istruzionali dei corsi dell'Accademia Aeronautica Virtuale;
• Il coordinamento del personale Istruttori Piloti e la formazione degli stessi;
• La valutazione delle problematiche di qualsiasi carattere riguardanti l'Accademia Aeronautica Virtuale portate all'attenzione del Comando dagli enti dipendenti, dal personale o dagli Allievi Ufficiali Piloti, in collaborazione con lo Stato Maggiore Aeronautica Virtuale quando ritenuto necessario.